La più importante delle raccolte bibliografiche della Biblioteca Civica è la Padovana, ricchissima di manoscritti, incunaboli, libri antichi e rari, nonché documenti e saggi di argomento padovano. Il nucleo originario pervenne per acquisto della biblioteca del notaio Antonio Piazza, il più cospicuo e prezioso fondo manoscritto e a stampa di storia, letteratura e arte padovane conservato in città.
Tra i numerosi e pregevoli pezzi vi sono custoditi gli Statuti, cioè il complesso delle norme che regolavano la vita della città e del territorio, dell’epoca comunale, della signoria carrarese e della dominazione veneziana; si ricordano al riguardo gli Statuti delle fraglie artigiane e religiose, spesso riccamente miniati, le Cronache storiche e familiari, ma anche i carnet di ballo per le feste al Caffè Pedrocchi, nonché e i papiri di laurea. La raccolta è costantemente aggiornata.
La Biblioteca Femminile, donata dagli eredi del conte Pietro Leopoldo Ferri bibliofilo padovano, è una singolare collezione di opere dal XIII al XIX secolo, composte esclusivamente da donne.
Il fondo del letterato Agostino Palesa comprende la collezione Petrarchesca, la Dantesca e la Cominiana, cioè la raccolta di tutte le opere stampate dalla tipografia padovana di Gianantonio e Gaetano Volpi e Giuseppe Comino nel Settecento.
Notevolissima la biblioteca di Roberto De Visiani: si tratta della Raccolta dei testi di lingua, cioè delle edizioni accettate dall’Accademia della Crusca come esempi di pura lingua italiana. Il fondo Niccolò Claricini Dornapacher comprende una ricca collezione Dantesca, tra cui un prezioso manoscritto del 1466, una raccolta di testi padovani e su sant’Antonio.
Presso una sala della Civica è ospitata la Biblioteca Brunetta, donata dagli eredi dell’ing. Giulio al Comune, ricca di testi di architettura, storia dell’arte e urbanistica.
Tra le ultime acquisizioni, la raccolta libraria e multimediale del cinefilo Piero Tortolina, la biblioteca del pedagogista Giuseppe Flores d’Arcais, la biblioteca e l’archivio del biologo e naturalista Umberto D’Ancona e della moglie Luisa Volterra.